冻干机的安装与验证工作的细节，在IVD行业很容易被用户忽略，主要因素之一是，设备偏小型。小型冻干机是整体运输的，大型冻干机必须拆开运输，在用户处进行拼装，焊接，连线等工作。
但小型机和大型机都需要进行上下水，配电，压缩空气，蒸汽，真空泵排气等项的安装工作。所有这些项目的安装都需注意管径，线径，容量，流量等要与冻干机的要求相匹配。
管道的安装还需注意合适的倾斜度，以符合工艺要求、排放通畅和不存积液体；一些电线和电缆的安装要注意对号入座，连接牢靠。有些冻干机的电线还需穿入随机所带的软管之中。
在所有管道安装完毕之后，要进行必要的检漏，例如制冷系统和硅油系统的管道需打压检漏（注意：硅油系统的打压不能超过 3 bar） 。在确保不漏之后可以抽空干燥，然后充注制冷剂和硅油。硅油的充灌宜用真空法，以减少空气的进入，但最后硅油系统都需经排除空气之后才能正常运行。制冷剂可直接往冷凝器内充注。
有些冻干箱在运输中是抽成真空的，需放气后才能打开箱门。带蒸汽灭菌的冻干机可能箱门还处在锁定状态，因此要设法用真空泵抽空冻干箱，并使箱门解锁之后，再放气才能打开。
为了减小运输高度，液压缸大都拆下分开包装；为了在运输中防止板层和软管的震动而受到损伤，板层组件被牢固地固定在冻干箱的下方，所以开箱之后要小心地去掉固定物和包裹物，清理干净冻干箱，并在液压油缸装好之后，使活塞杆下降，安装好活塞杆与板层上支架的连接法兰，吊起板层组件；有活塞杆隔离波纹管的冻干机需在此同时小心地安装隔离波纹管。
在运行电气系统时要注意马达的旋转方向，通电之前所有马达的钥匙开关必须全部关闭，通电后先试运行液压泵或真空泵马达的旋转方向，试转向时给电后立即断开，如果方向不对，需停电后改变总电源的相序（交换三相中任意二相的接线） ，然后通电再试，一旦旋转方向正确，则所有马达的方向一般均已正确。
制冷压缩机安装在防震支座上，运输中为了减少震动都被锁定住了，但在使用时要把四个固定螺母少许放松（弹簧式的要去掉钢片） ，用手推动压缩机时可以轻微晃动，这样可以减少压缩机在运转时对机架的震动，而在起动或停止时压缩机会摇晃一下。
注意记录仪表的活动部件（打印头，模拟指示器在运输中被固定了）通电前需要解锁。 全部安装完毕之后，特别是检查各电线连接无误后，可以进行局部试车；在局部试车正常之后，进行分系统的试车，然后进行整机试车；直至各部分性能达到指标要求为止。
验证是用实验证明整套系统的设计符合试剂的质量要求，并以文件形式把过程数据真实记录下来，可以按照既定目标运行。一般包括设计验证，安装验证，运行验证和生产验证等。验证中要对设备进行测试，对整个过程进行验证。
用户在订购新的冻干机时应提出使用技术性能指标要求，包括冻干箱的板层面积，冷阱的凝冰量，冻干箱温度的要求的温度范围，冻干箱冷阱的最低温度，降温要求时间，冻干箱的极限真空和抽空时间，重要部件的制造厂商和型号，电气系统配置和控制方式，是否要小瓶压塞装置，是否需要 CIP 和 SIP等等；并以文件形式提供给制造商。
制造商根据用户的要求提供拟造冻干机的各项技术性能指标，并以文件形式提供给用户，用户验证拟造新机是否符合使用技术性能指标的各项要求。
制造商根据合同和各种文件逐项对机器各部分进行检查、核对和记录，并对机器运转时达到的技术性能指标进行检查、核对和记录，以文件形式提供给用户。
用户对设备的配置和各项技术性能指标进行逐项检查和核对，并进行运行检测，确认设备的各项配置符合文件（包括合同）的要求。并形成一个确认或验收文件。
直接通过生产，冻干产品，检查产品是否符合要求，以验证冻干机的各项技术性能和功能。并形成一个文件。
